Высшим органом исполнительной власти региона является администрация Новосибирской области. С 1999 года ее возглавляет губернатор Виктор Толоконский. Орган законодательной власти региона – Новосибирский областной Совет, состоящий из 98 депутатов, избираемых по смешанной (мажоритарно-пропорциональной) системе. Председателем областного Совета является Алексей Беспаликов, который также занимает пост секретаря регионального отделения партии «Единая Россия».
В Новосибирской области работают отделения практически всех политических партий России, крупнейшие из которых – «Единая Россия», КПРФ и ЛДПР – имеют фракции в областном и городском Советах.
Должность мэра областного центра – города Новосибирска – с 2000 года занимает Владимир Городецкий. Представительным муниципальным органом является Совет депутатов Новосибирска, который состоит из 40 человек, избираемых по мажоритарной системе. Председатель Совета депутатов Новосибирска – Надежда Болтенко.
Новосибирская область – один из первых регионов России, перешедших к системе местного самоуправления. В области система МСУ начала работать с 2006 года.